O ministro Alexandre de Moraes, responsável pelo inquérito, manteve presos os réus por executarem os atos alegando, entre outras coisas, que a medida seria razoável, adequada e proporcional para garantir a ordem pública e o fim da prática de crimes.
Os militares continuam presos porque o ministro avaliou haver risco de que eles pudessem interferir nas investigações, caso fossem soltos. Já o grupo investigado por financiar e incitar os atos segue preso a pedido da PGR, que sustenta que essas pessoas devem continuar na prisão até a conclusão de diligências conduzidas pela Polícia Federal que ainda estão em andamento.
Desse total, 243 foram presas no dia 8 de janeiro, 1.152 foram para a prisão no dia 9 de janeiro e outras 35 foram presas em operações deflagradas ao longo do ano.
Balanço da Operação Lesa Pátria, da Polícia Federal, no entanto, mostra que até o dia 21 de novembro, foram cumpridos 88 mandados de prisão. Além disso, em agosto, sete militares foram presos no âmbito da Operação Incúria, da PGR em parceria com a PF.