As investigações miram quatro núcleos: executores, financiadores, autores intelectuais e autoridades públicas envolvidas. Assim como a apuração foi dividida em grupos, o julgamento dos denunciados no STF segue em núcleos, com prioridade para os executores.
Foram instauradas 1.354 ações penais contra os participantes dos atos criminosos e golpistas. Os inquéritos foram abertos pelo ministro Alexandre de Moraes a pedido da PGR. O subprocurador Carlos Frederico Santos foi o autor das denúncias.
De setembro a janeiro deste ano, 30 pessoas foram condenadas por terem participado da invasão aos prédios do STF, do Palácio do Planalto e do Congresso Nacional. Todas essas pessoas integram o núcleo de executores dos atos. Até agora, apenas um financiador foi denunciado pela PGR, trata-se de um empresário de Londrina.
O ministro Alexandre de Moraes validou 38 acordos de réus que estavam acampados em frente aos quartéis e incitaram a tentativa de golpe de Estado, mas que não participaram diretamente da invasão da Praça dos Três Poderes. O acordo prevê a confissão de crimes e o cumprimento de condições estabelecidas pela Justiça para escapar de punições.