As investigações miram quatro núcleos: executores, financiadores, autores intelectuais e autoridades públicas envolvidas. Assim como a apuração foi dividida em grupos, o julgamento dos denunciados no STF segue em núcleos, com prioridade para os executores.
Foram instauradas 1.354 ações penais contra os participantes dos atos criminosos e golpistas. Os inquéritos foram abertos pelo ministro Alexandre de Moraes a pedido da PGR. O subprocurador Carlos Frederico Santos foi o autor das denúncias.
O primeiro réu foi condenado em 14 de setembro. Aécio Lúcio Costa Pereira foi sentenciado a 17 anos de prisão e a pagar com os demais réus que vierem a ser condenados R$ 30 milhões como ressarcimento de danos morais e materiais coletivos.
Pereira foi condenado pelos crimes de prisão pelos crimes de associação criminosa armada, abolição violenta do Estado Democrático de Direito, tentativa de golpe de Estado, dano qualificado pela violência e grave ameaça com substância inflamável contra o patrimônio da União e deterioração de patrimônio tombado.
A defesa de Pereira critica a condenação. Ela ainda diz que o cliente não praticou nenhum ato de violência e que não há provas ou imagens de que ele teria colaborado com as depredações do Congresso.