As investigações miram quatro núcleos: executores, financiadores, autores intelectuais e autoridades públicas envolvidas. Assim como a apuração foi dividida em grupos, o julgamento dos denunciados no STF segue em núcleos, com prioridade para os executores.
Foram instauradas 1.354 ações penais contra os participantes dos atos criminosos e golpistas. Os inquéritos foram abertos pelo ministro Alexandre de Moraes a pedido da PGR. O subprocurador Carlos Frederico Santos foi o autor das denúncias.